29 февраля 1968 г., по инициативе Центрального военно-медицинского управления Министерства обороны СССР был создан Военно-медицинский факультет при Центральном ордена Ленина институте усовершенствования врачей. Основной базой для Военно-медицинского факультета стал филиал Главного военного клинического госпиталя имени академика Н.Н.Бурденко — военный городок № 85 (г.Москва, ул.Большая Оленья, д.8).
C 22 июня 1998 года факультет был преобразован в государственное образовательное учреждение послевузовского и дополнительного профессионального образования — Государственный институт усовершенствования врачей Министерства обороны Российской Федерации.
В апреле 2012 года Государственный институт усовершенствования врачей Министерства обороны Российской Федерации был реорганизован и вошел в состав ФГБУ «Медицинский учебно-научный клинический центр имени П.В.Мандрыка» Министерства обороны Российской Федерации.
1 сентября 2015 года на фондах Института усовершенствования врачей МУНКЦ имени П.В.Мандрыка создан Филиал федерального государственного бюджетного военного образовательного учреждения высшего образования «Военно-медицинская академия имени С.М.Кирова» Министерства обороны Российской Федерации.
В процессе создания, становления и последующего развития факультета, института, филиала, как самостоятельного педагогического центра большую роль сыграли его руководители М.Е.Ястребов, Р.Р.Ибадулин, С.С.Фролов, Ю.У.Маньков, В.А.Мясников, Г.М.Петров, В.И.Хрупкин, В.А.Решетников, О.М.Костюченко, в деятельности которых всегда присутствовали высокий профессионализм, соблюдение принципов преемственности, творческое развитие учреждения, повышение его научного потенциала.
Педагогический коллектив приобрёл значительный опыт практической работы по медицинскому обеспечению войск и сил флота в мирное и военное время, в том числе в период боевых действий в Афганистане, Чечне, при ликвидации последствий и лечении пострадавших при аварии на Чернобыльской АЭС, землетрясении в Армении.