Учебно-методический отдел осуществляет организацию и контроль учебной и методической работы в филиале, совместно с кафедрами разрабатывает проекты учебных планов (рабочих учебных планов) и учебных программ, расписания учебных занятий, расписания экзаменов и других документов по планированию образовательного процесса. Отдел планирует использование аудиторий, учебных классов, лабораторий и других объектов учебно-материальной базы, ведет учет и анализ успеваемости обучающихся, анализирует опыт службы выпускников филиала в войсках (на флотах), организует и анализирует результаты контроля учебных занятий, организует изучение передового педагогического опыта в филиале и других высших учебных заведениях, разрабатывает на этой основе предложения по совершенствованию обучения и качества подготовки слушателей. Учебно-методический отдел отвечает за организацию итоговой государственной аттестации выпускников, за подготовку выпускной документации и учет ее выдачи. Кроме того, на отдел возлагается организация методической работы в масштабе филиала, руководство работой методического кабинета и организация научной работы кафедр и филиала в целом.
Со дня создания в Москве филиала Военно-медицинской академии работу учебно-методического отдела организовывал первый его начальник — кандидат медицинских наук, полковник медицинской службы Сазонов Юрий Владимирович. Под его руководством проходил этап становления отдела, пройдена первая аккредитация образовательной деятельности.
С августа 2017 г. учебно-методический отдел возглавляет полковник медицинской службы, кандидат медицинских наук Мерзликин Артур Викторович. Основные усилия в деятельности отдела сосредоточены на совершенствовании технологий обучения, использовании в подготовке специалистов передового опыта войск (сил), совершенствовании учебно-материальной базы филиала и формировании электронной образовательной среды. Под руководством начальника учебно-методического отдела в филиале за год выполнено 2 научно-исследовательские работы (по заказу ГВМУ МО РФ), проводятся научные исследования, посвященные вопросам восстановительного лечения, медицинской и медико-психологической реабилитации военнослужащих.
Для отработки практических навыков СЛР и интенсивной терапии слушателями ординатуры, цикловой подготовки и студентами медицинского колледжа и проведения первичной специализированной аккредитации медицинских и фармацевтических специалистов в 2019 году открыт симуляционно-аккредитационный центр филиала.
Важным направлением работы отдела является участие в формировании системы непрерывного медицинского образования (НМО) военно-медицинских специалистов Вооруженных Сил Российской Федерации, а также других федеральных органов исполнительной власти. Наряду с учебно-методическим отделом Военно-медицинской академии, отдел является методическим центром разработки образовательных программ для подготовки и совершенствования знаний специалистов гражданского здравоохранения в системе НМО.
Значительный вклад в успешное выполнение задач, стоящих перед отделом вносят: заместители начальника отдела подполковник медицинской службы Беспятов А.В., майор Ступин Д.А., а также специалисты из числа лиц гражданского персонала отдела: Матвиенко В.В., Мачула И.В., Чернышова О.А., Фоменко В.А., Фролова Л.А., Шевченко П.А., Махлин В.В., Авдеев А.Н., Тихонова Л.Г. и другие.
В целях координации деятельности по организации методической деятельности, изучения, обобщения и распространения передового педагогического опыта, оказания помощи преподавательскому составу в повышении их педагогической квалификации в филиале работает методический кабинет, который ежемесячно планирует и организует проведение лекций, докладов, научных сообщений и консультаций по обучению, обеспечивает накопление научно-методических материалов, ведет библиографию, организует проведение всех видов методических занятий и ведет их учет, выпуск методических сборников (бюллетеней), выставки педагогической и методической литературы. На базе методического кабинета организуются и проводятся заседания межкафедральных предметно-методических комиссий, показные и инструкторско-методические занятия, а также занятия с начинающими преподавателями.